El Colegio fomenta y apoya, a través del Club Deportivo San José, la práctica del Deporte. A lo largo de su historia ha conseguido títulos a nivel nacional, autonómico, provincial y local en muchos deportes.
Los alumnos participan en los siguientes deportes: fútbol, baloncesto, fútbol sala, voleibol y balonmano. Unos lo hacen en el ámbito escolar y otros en el federado. También se participa en torneos a nivel local, provincial, autonómico y nacional.
El Club Deportivo lleva varios años organizando a nivel nacional los Juegos Escolares de la EMDE (Eusebio Millán Deporte Escolar) (Deporte Escolar de los Colegios Católicos) en las categorías juvenil y alevines así como el torneo FOX_KIDS de fútbol-6 a nivel local.