En 1881 el Colegio fue fundado en la Plazuela del Duque gracias a la donación de Justa López Martínez. Al año siguiente se empezó a construir el nuevo Colegio en los actuales terrenos, que estuvo terminado en 1885; pero dos años antes ya se empezaron a impartir clases en él.
Cuando en 1932 el Congreso de los Diputados decretó la disolución de la Compañía de Jesús y la incautación de sus bienes, para continuar con la enseñanza se crearon seis academias en pisos y chalés de Valladolid y, al curso siguiente, hubo que alquilar un hotel-balneario en Portugal (a 40 km. de Oporto) para seguir con las clases.
Finalmente, en 1936, el Colegio pudo volver a abrir sus puertas y emprendió una serie de reformas entre la que cabe destacar, en 1947, la construcción de un pabellón a lo largo de la calle Maldonado y que hoy alberga todas las aulas de Primaria e Infantil.
El año que el Colegio celebraba las Bodas de Diamante (1956) el Ayuntamiento de Valladolid le concedió la medalla de Oro de la Ciudad.
A partir del año 2000 La Compañía de Jesús inicia la restauración del Colegio: laboratorios, fachadas, aulas, capilla de los alumnos, escalera central, patios…..