Existen Laboratorios diferenciados de Física, Química y Ciencias Naturales, todos ellos equipados convenientemente, tanto en instrumental como en productos, para poder desarrollar las prácticas de estas asignaturas. Los alumnos siempre están acompañados por profesores y las prácticas, dependiendo de la programación, podrán ser individuales o bien experiencias de cátedra.
El material de los laboratorios está en continua renovación y en ellos se pueden ver tanto dispositivos propios del siglo XXI como material del XIX, lo que los convierte en un auténtico museo de la ciencia tal y como se pudo ver en la exposición que se celebró en Madrid con ocasión del Centenario del Ministerio de Educación y Ciencia (2002). Varios de los intrumentos que se pudieron ver en esa exposición fueron aportados por el laboratorio de Física del Colegio San José.